供应链监管票据具有较多的优势，但是由于应用时间不长，系统相对不够完善，实际使用过程中应注意对可能的风险进行防范，并采取针对性的措施，主要表现在以下方面：

1.防范对核心企业的过度依赖风险
  所谓核心企业，并非完全从规模上进行考量，而是应掌握一定的核心技术，具有较大的产品竞争力和信誉度。由于核心企业是供应链的关键部分，整个供应链上下游的融资都依赖于核心企业的信用，如果核心企业存在系统性风险，则上下游企业也无法避免，整个链条可能都将崩塌。因此，应避免过度依赖于核心企业，同时应对核心企业进行信用评级，对于信用等级低的企业应作出特别标注，以此督促其按时履约。
  另外，在对中小企业进行融资放款时，也应考察以核心企业为主的整个链条产生的利润总额，如果其产生的利润不足以支撑融资的利息，那么可能导致系统性风险，轻则供应链上下游的中小企业破产倒闭，重则包括核心企业在内的整个供应链系统的崩溃，对于产业也可能产生较大的影响。
2.防范可疑贴现业务带来的风险
  当前，民间贴现虽已被法律禁止，但是仍有部分交易私下进行。特别是，一般仅可对与供应链中核心企业直接供应商交易进行核查，对于链条后续的流转，如在二级和三级供应商之间票据流通，往往核实难度较大，不排除部分人利用供应链监管票据进行违法贴现，对此在交易中发现可以的贴现业务时，可及时向平台进行风险提示，由平台进行核查，同时平台也可利用系统进行实时动态数据监测，如发现可疑的贴现业务时，及时进行规范制止。

3.防范电子化过程中的合规风险
  由于供应链监管票据全程采用电子化商业汇票，与传统汇票的签字确认、交付质物等有一定区别，如在电子汇票质押等业务中，由于电子票据上相对更容易造假，如果不能准确识别质物的交付，可能面临质权不成立带来的风险；又如汇票保证承兑业务中，如何体现出保证人提供保证的真实意思表示，防范他人利用保证人的账户冒名登陆操作等带来的风险。
  对此，一方面供应链监管票据系统正在不断完善中，可以通过技术手段不断完善质押、保证等的功能，进一步降低发生系统性风险的可能；另一方面，目前在现实中可以通过同步签订纸质保证合同或交付加盖实物实体印章的电子汇票等措施，对各方的真实意思表示再次进行确认，从而降低发生上述风险的可能性。

4.防范身份信息虚假带来的风险
  目前，企业通过供应链平台在供应链监管票据平台上进行信息登记，票交所依托企业信息库进行核验后完成登记。各供应链平台依托自有的风控机制对企业身份的真实性和有效性进行认证。供应链监管票据平台由于并不审核原始数据，而各供应链平台信用等级有高低，不排除部分企业在进行身份认证时，提交虚假材料以获得认可，或者通过不正当手段获取其他企业的登录账户密码，以他人身份进行虚假交易等。
  对此，各方在进行交易时，除在供应链监管票据系统上进行操作外，还应进行线下核实，如采取一定的线下书面形式对主体身份进行确认，必要时也可通过现场尽职调查等方式获取企业的真实信息。